In data 29.03.1982 tra il Comune dì Pisa, la Provincia di Pisa, la Camera di Commercio di Pisa e l’Ente per lo sviluppo della zona portuale industriale Livorno-Pisa è stata costituita la "S.p.A. Navicelli di Pisa" per la gestione e lo sviluppo dei servizi portuali e della navigazione nel Porto interno di Pisa e lungo il canale navigabile dei Navicelli. In data 31.01.2008, dopo alterne vicende societarie, la società è divenuta interamente pubblica per l’esercizio delle funzioni strumentali a favore degli enti soci.

Dal 09.02.2018 è stata modificata la ragione sociale: la società è denominata "Navicelli di Pisa S.r.l.", ed in data 29.09.2018 i soci Camera di Commercio di Pisa e Provincia di Pisa sono usciti dalla compagine sociale esercitando il diritto di recesso. Successivamente è stata ridenominata "Port Authority di Pisa S.r.l. con Assemblea del 09.02.2022

Attualmente il Comune di Pisa detiene una quota del valore nominale di € 157.003,84, corrispondente al 100,000% del Capitale Sociale della Società.

Oggetto Sociale: Manutenzione ordinaria e straordinaria del canale navigabile Pisa-Livorno, detto "I Navicelli", dell'area portuale e delle sue pertinenze, l'espletamento dei servizi richiesti nell'area ivi compresa la gestione delle aree portuali medesime.