La deliberazione della Giunta Comunale n. 4 del 2014 stabilisce che il Comune di Pisa debba dar corso "ad una gestione totalmente digitale della propria documentazione amministrativa”, fissando apposite linee di indirizzo. Il “Manuale di gestione del protocollo informatico, dei flussi documentali e degli archivi” del 2015, previsto dal DPCM 3.12.2013, ha raccolto le novità normative e le indicazioni contenute nella successiva delibera comunale.

Con deliberazione della Giunta Comunale n. 361 del 28.12.2022 è stato approvato il nuovo "Manuale di gestione e conservazione dei documenti informatici del Comune di Pisa" scaricabile e consultabile negli allegati alla pagina. 
Il manuale 2022 recepisce le Linee guida sulla formazione, gestione e conservazione dei documenti informatici emanate dall’Agenzia per l’Italia Digitale con determinazione del Direttore generale del 9 settembre 2020, n. 407 e pubblicate il 10 settembre 2020, come modificate dalla recente determinazione del 17 maggio 2021 n. 371.

Con determinazione 1424 del 22/08/2023 è stato aggiornato l'allegato All 04 - Manuali operativi degli strumenti software_08-2023.pdf con indicazioni operative.