Con l'intesa del 18 aprile 2001, la Presidenza del Consiglio destina gli Arsenali Medicei ad essere la sede del Museo della Navigazione.

Questo complesso, pensato e costruito come cantiere per la produzione di imbarcazioni, vista la sua posizione all’interno del tessuto urbano, affacciato sul corso dell’Arno, al limite del centro storico, si presta perfettamente ad essere la sede del Museo della Navigazione.
Gli spazi sono adatti sia per ospitare le imbarcazioni, anche di grandi dimensioni, sia per esporre i reperti più piccoli e preziosi.
Un museo che si evolve e che si allarga oltre lo spazio fisico che lo contiene: gli oggetti esposti, lo scavo archeologico, il laboratorio di restauro, gli oggetti immagazzinati nei depositi.
    


Gli Arsenali Medicei

La Darsena vicino alla Cittadella, ossia la Darsena della Tersanaia o Tersana, definita poi Arsenale Repubblicano, divenne uno dei nodi principali del sistema portuale pisano.
La costruzione degli Arsenali Medicei, partì durante gli anni di potere di Cosimo I (1537-1574), facendo parte della sua ampia politica di riorganizzazione territoriale, poi ripresa dai figli Francesco I (1564-87) e Ferdinando I (1587-1609).
Al momento della sua conquista Pisa da parte dei fiorentini nel 1509, la città era in una condizione di decadenza e spopolamento. Per rinvigorirla, Cosimo decise di fare di Pisa un polo di sviluppo economico, complementare anziché antitetico a Firenze.
Lo scopo principale era dare a Pisa il ruolo di centro marittimo del territorio mediceo e la costruzione degli Arsenali ne era il passo decisivo.
Ebbe così inizio la costruzione del nuovo Arsenale,nella zona sud della città, tra il ponte della Cittadella, la chiesa di S.Agnese e quella di S.Vito.
Il nuovo complesso era articolato in otto navate impostate su archi poggianti su pilastri, con tetto a capanna con uno scheletro ligneo. Gli archi non presentavano le catene, al fine di non ostacolare in altezza la costruzione delle navi, mentre la spinta degli archi trasversali era contenuta da un lato dalla navata appoggiata a S.Vito, dall’altro da una navata più piccola, detta Sprane, costruita appositamente.
Le sue dimensioni, prendevano ovviamente in considerazione le misure delle navi più grandi (59 metri in media di lunghezza, oltre 8 metri in media di altezza, le campate variano dai 10,65 ai 9,20 metri), per non incorrere in pericolosi danneggiamenti alla struttura del complesso al momento della creazione di una nuova imbarcazione.
L’attività cantieristica, che la vedeva impegnata nella fabbricazione perlopiù di barche e barconi destinati a privati continuò, con periodi alternanti di felicità, fino alla metà del XVIII secolo, con i Lorena. In questa occasione, le arcate furono chiuse e, quando nell’XIX secolo, gli Arsenali divennero sede del Deposito degli Stalloni vennero distrutte alcune aree per trasformarle in cortili e rialzati i muri dei capannoni più bassi.
Con la II Guerra Mondiale, poi, i bombardamenti distrussero tutta la zona della Cittadella, facendo completamente crollare uno dei capannoni.