1408 - 1542

Con la perdita della Sardegna, inizia la decadenza della potenza navale pisana.
Dagli anni quaranta del Trecento l'arsenale si trasforma in deposito e fabbrica di armi e attrezzature per la guerra e la difesa territoriale.
Nel 1394 Jacopo d'Appiano, signore di Pisa, trasforma l'arsenale in cittadella ed erige la torre di S. Agnese e quella sopra la porta cittadina a capo del ponte.
Nel 1405 i Pisani, insorti contro Gabriello Maria Visconti di Milano,  conquistano e incendiano la cittadella.
Il 9 ottobre 1406 i Fiorentini conquistano Pisa e ricostruiscono la Cittadella, erigono la torre guelfa ed isolano la fortificazione dalla città, inglobando il ponte nelle opere di difesa.