Nel corso dei lavori di scavo intrapresi dalle FS nell’area della stazione di Pisa - S. Rossore per la realizzazione del centro di controllo della linea tirrenica, alla fine del 1998, sono state rinvenuti i primi relitti di navi di epoca romana. Assieme alle navi individuate (almeno 16) lo scavo intrapreso ha recuperato una enorme quantità di materiale, dalle monete alle anfore del carico, dagli utensili agli oggetti più comuni della vita di tutti i giorni, oltre mettere in luce anche strutture portuali ben conservate. L’eccezionalità della scoperta esprime in primo luogo l’esigenza di esporre gli scafi, una volta restaurati, ed il materiale recuperato, che costituiscono un insieme, forse unico, che non può essere disperso, né celato al pubblico.

Una così consistente mole di reperti esige una propria struttura museale per consentirne una lettura integrata e complessiva, una struttura museale che, in una città come Pisa, non può essere concepita come nuovo edificio specialistico a se stante, ma inserita nel notevole circuito museale già esistente e nella stessa rappresentatività storica e di epoche diverse, costituita dal centro storico pisano.

L’attività espositiva e museale è motivo ed occasione, inoltre, di riutilizzo di contenitori più o meno specialistici, monumentali e storici comunque, che, da un lato corrono il rischio di perdere la loro identità per essere costretti ad ospitare funzioni non proprie o non compatibili, per soddisfare le conseguenti esigenze di "ristrutturazione" ed adattamento; dall’altro di essere restaurati e conservati, con gli investimenti a questo scopo necessari, per essere solo memoria di se stessi, sovente condannati all’oblio ed al degrado successivi.

La presenza, a Pisa, di un importante monumento di architettura industriale ante litteram, gli Arsenali Medicei, rende quasi spontaneo pensarlo come contenitore naturale delle testimonianze marinare più antiche della città.

Gli Arsenali, costruiti in periodo mediceo per sostituire quelli della sconfitta repubblica marinara, utilizzati come sede del contingente di occupazione, furono voluti a sostegno della volontà granducale di partecipare alle ricorrenti campagne contro gli "infedeli" più che come vero e proprio cantiere di produzione bellica o mercantile, ed in effetti produssero galere con ritmi quasi sempre saltuari e destinate esclusivamente all’ordine cavalleresco di S. Stefano.

I grandi capannoni furono poi destinati, con pochissime modifiche (chiusura delle arcate e qualche suddivisione interna), a scuderia per un reggimento di cavalleria. La destinazione è stata in pratica mantenuta fino ad un decennio fa (il complesso continuò ad ospitare gli animali dell’Istituto Incremento Ippico), ma già alla fine degli anni settanta uno dei capannoni fu restaurato e, nel 1980, ospitò una sezione delle Mostre Medicee, evento espositivo che interessò tutta la Toscana e molte sedi nella stessa città di Pisa.

La struttura "industriale", concepita per la produzione di imbarcazioni, ma monumentale e storica al tempo stesso, affacciata sul corso del fiume, al margine del centro storico ma perfettamente inserita nel suo contesto ambientale, si presta perfettamente a sede del Museo della Navigazione.

Gli ampi spazi dei capannoni permettono l’esposizione delle navi più grandi, mentre le suddivisioni di alcuni di essi sembrano appositamente concepite per la raccolta fruizione dei reperti più minuti e preziosi.