Palazzo Lanfranchi conserva, nella sua denominazione, il ricordo di una delle più antiche ed illustri casate pisane, appartenente alla prima aristocrazia consolare e protagonista della scena politica cittadina in tutto l'arco della vita comunale (se ne ricorderà la citazione dantesca: "Con cagne magre studiose e conte, / Gualandi con Sìsmondi e con Lanfranchi", Inf. XXXIII, 31 ‑ 32)2 i cui membri s'inserirono tra gli esponenti della classe dirigente di Pisa anche sotto la dominazione fiorentina. Fu un membro dei Lanfranchí infatti, il canonico Alessandro, ad acquistare nel 1539 il complesso edilizio di Lungarno, realizzandovi un'importante opera di ristrutturazione che ne unificò e correlò le varie parti in una redazione pressoché definitiva e gli attribuì sostanzialmente l'aspetto attuale.
I lavori di restauro realizzati tra il 1976 e 1980 dal Comune dì Pisa, divenuto proprietario del palazzo nel 1952, hanno fornito la lente attraverso cui si è potuta leggere l'intera vicenda di trasformazioni subita dal complesso nei suoi nove secoli di vita. 
L'esame delle diverse fasi costruttive, condotto sulle superfici murarie resi leggibili da un restauro attento e sensibile ai dettagli più minuti, ha consentito di individuare gli originari nuclei edilizi